Aan het einde van de 19e eeuw kocht de Gereformeerde kerk van Zaltbommel in de Korte Steigerstraat een schuur om hun diensten te houden. Dit gebouwtje stond waarschijnlijk op de plek van de huidige consistorie. Het gebouwtje was al snel te klein. In 1897 sprak de kerkenraad daarom over uitbreiding of nieuwbouw. In 1900 werd een nieuw kerkgebouw gerealiseerd.
In 1921 werd de kerk aangesloten op het elektriciteitsnet. Aanvankelijk vond de kerkenraad het veel te duur en vroeg daarom de gemeenteraad om de aanleg te betalen. Dit verzoek werd geweigerd. Toch zijn uiteindelijk zowel de kerk als de pastorie op het net aangesloten. De kosten voor de kerk waren 390 gulden.
In 1932 vond er een grote verbouwing plaats in de kerk. De preekstoel werd vervangen door een platform, waar de predikant aanzienlijk meer bewegingsruimte had. De oude kansel verhuisde naar de gereformeerde kerk te Twijzel, in Friesland. Zij betaalden er vijftien gulden voor, exclusief vervoerskosten. Ook de kerkenraadskamer werd opgeknapt.
Tijdens de verbouwing werd ook het kerkharmonium op de galerij vervangen door een heus pijporgel. Het orgel is uit het jaar 1932 en is gebouwd door de firma Valckx & Van Kouteren. Het orgel heeft één klavier en acht registers.
In 1972 is de Eben-Haëzerkerk gekocht door de Evangelisatie van de Gereformeerde Bond binnen de Nederlands Hervormde Kerk. Direct na de aankoop vond er een grote verbouwing plaats en werden enkele kleine kamers samengevoegd tot de consistorie.
De voorgevel is een brede, symmetrische tuitgevel. De gevel is opgetrokken in machinale baksteen in kruisverband. Het middelste gedeelte van de gevel steekt in de volle hoogte naar voren. Dit wordt een midden risaliet genoemd. In de gevel zitten witte natuur- en sluitstenen. De glas-in-lood-ramen in de voorgevel en de zijmuren zorgen voor een mooie lichtinval in de kerk.
Op de kerk bevindt zich het lantaarntorentje. Het onderste deel is met leiden bedekt. De houten constructie bestaat uit acht rondboogopeningen. Op deze constructie rust een met lood beklede ui met daarbovenop een kleinere ui. De gehele spits is met lood bekleed. In de tweede helft van dit jaar zal het torentje een grote renovatie ondergaan.